• COCATRAM fue creada el 15 de julio de 1980, mediante Resolución 5-80 de la Reunión de los Ministros Responsables de la Integración Económica Centroamericana (ROMRIECA XXIII), emitida en la ciudad de Managua, Nicaragua.

• La Resolución 5-80 incorporó como países miembros de COCATRAM a Guatemala, El Salvador, Honduras, Nicaragua y Costa Rica, a la vez que definió los Estatutos Constitutivos de la institución.

• El 27 de febrero de 1987 la Reunión de Ministros de Transporte de Centroamérica (REMITRAN), decidió designar a la COCATRAM como su órgano técnico, conforme a la Resolución REMITRAN V-3-87, emitida en la ciudad de Guatemala, República de Guatemala.

• En respuesta a los objetivos y directrices emanados por el Sistema de la Integración Centroamericana (SICA), la REMITRAN actualizó el 11 de julio de 1991 los estatutos originales de la COCATRAM, mediante el Acuerdo Especial suscrito en Tegucigalpa, Honduras. Mediante este Acuerdo se incorporó a Panamá.

• El 17 de Febrero de 1997, la REMITRAN mediante Resolución de la XVI Reunión celebrada en San Salvador, El Salvador, se constituyó en Consejo Sectorial de los Ministros de Transporte de Centroamérica (COMITRAN), de conformidad a la organización institucional prevista en el Protocolo de Tegucigalpa, incorporándose a COCATRAM dentro de la nueva estructura institucional de dicho Consejo, con el objeto de fortalecer la coordinación regional del sector marítimo portuario.

• En agosto de 1999 la COCATRAM dio inicio a una transformación caracterizada por un fuerte proceso de Reingeniería, orientado a ofrecer un mejor servicio.

• Este proceso de cambio fue ratificado por el Consejo de Ministros de Transporte de Centroamérica (COMITRAN) en su Reunión XXII del 12 de mayo de 2000, en la ciudad de Guatemala, República de Guatemala, mediante Resolución 05-2000.

• En tal sentido,  se implantaron cambios, tanto en la estructura del organismo como en los procesos y procedimientos de entrega de servicios, de comunicación y coordinación con los clientes internos y externos.